對珠三角的旅客來說，往海外，為什麼要先往深圳機場，再到赤濸角機場乘搭國際航班？廣州白雲新機場的國際航班正在增加，從廣州機場直飛海外更為方便、低成本。若直通鐵路兼營貨運，亦會面對同樣的問題，且深圳和廣州機場的貨運條件更快速改善，對香港機場形成替代。其中涉及物流，香港機場可作為珠三角國際貨運的一個出境口，直通鐵路更使物流集中於深圳，香港的空運附加值必然大跌。或許這可推動深圳機場的航空貨運物流的發展，但仍然面對廣州航空貨運的競爭，高速直通鐵路的低營運量和高建設及維修成本，只會使深港航空貨運處於劣勢。

    國際上少有同區機場之間興建高速鐵路聯繫，深港此舉是創舉。但創舉中卻沒有合理的經濟效益估算，似偏重政治考慮，不是為人深詬的紀念工程，便是有點像香港早些時候建設的數碼港或迪士尼主題公園，別有企圖。