據臺灣《聯合報》報導，總統競選期間，馬以南被綠營指為“臺北市生技制藥業的大門神”，在馬英九市長任內與市立醫院做生意。當時馬英九回應，如有違法，歡迎檢舉，並不認為馬以南有利益回避問題，也未要馬以南辭職。

    但馬英九上週一把馬以南請到馬蕭辦公室，以“利益回避”為由，要求馬以南辭去研究開發處副總經理職務，讓馬以南頗感委屈。馬以南跟友人提起這事，請友人幫忙找工作，想起將屆耳順之年，還要轉業，言談間頗為無奈。

    “第一夫人”周美青兆豐銀的工作也曾被質疑，但馬英九並未要求她離職。內定“總統府”發言人王郁琦表示，“周美青的工作不涉及利益回避，仍將繼續上班。”不過為避免外界疑慮，周美青選前就宣佈，辭去兆豐國際投資信託公司、敦安社會福利基金會董事兩職。

    至於跟隨馬英九打選戰的數百名幕僚與志工，馬英九選後並未安排他們出路，絕大多數幕僚只能“就地復員”，連國民黨高層都看不下去。高層批評，馬政府少說上千個空位，府內機要任用也有十八個缺，但馬英九竟然只帶三人進府，實在不通人情。

    不少任職馬蕭競選總部的人是辭去原有工作來擔任志工，或只領取微薄薪水。某幕僚在馬英九三次公職選戰中，都放棄高薪無條件幫忙，但選後未被安排過職務，這回家中老小不知如何生活。

    一名幕僚幽幽表示，“老闆本來就沒有承諾過啦”，他不貪圖什麼，但覺得“欠一個交代”，打選戰這麼累，馬英九連一頓飯都沒請過，連所謂的感恩茶會，他都被指示任務，無奈抱怨“老闆真的被寵壞了，反正願意替他賣命的人多得是，四年後整個換一批就好。”